法律分析：根据我国土地法规定，土地转让、出租、互换等事项需经过土地管理部门批准，并签订土地合同。如果土地双方在协商中达成的协议未经过土地管理部门的批准或未签订土地合同，则其合法效力存在争议。
法律依据：
1.《中华人民共和国土地管理法》第二十二条规定，土地的转让、出租、互换等事项需经过土地管理部门批准。
2.《中华人民共和国合同法》第十七条规定，订立合同应当遵循诚实信用原则和平等自愿原则。
3.《中华人民共和国物权法》第二十九条规定，土地使用权、房屋所有权等物权设立、变更、转让等应当依照法律规定进行登记。
综上所述，在土地转让、出租、互换等事项中，土地双方达成的协议若未经过土地管理部门批准或未签订土地合同，则其合法效力存在争议。因此，在协商中达成的协议是否具有合法效力，需按照相关法律规定进行评估。
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