1、参保对象不同：农村合作医疗保险的参保对象是农村户口居民，社保参保对象为在职职工或城镇居民
2、保障期限不同：农村合作医疗保险是交一年保一年，社保中的医疗险是要求持续缴纳最少15年才可以享受终身医保待遇
3、报销比例不同：农村合作医疗保险报销比例较低，而社保中的医疗保险报销比例较高
4、有无个人医保账户：农村合作医疗保险是没有个人医保账户的，社保中的医疗保险有个人医保账户。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十三条 职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。
《中华人民共和国社会保险法》第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
《中华人民共和国社会保险法》第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容