性质不同：免予刑事处罚是针对的对象是已经构成犯罪，但犯罪情节轻微不需要判处刑罚的人；不起诉的对象则包括不构成犯罪、指控犯罪证据不足或存疑、犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的
作出机关不同：免予刑事处罚由法院作出，而不起诉决定则由检察院作出。
一、在批捕后如果发现没有犯罪啥办
检察院批捕后如果证据不足或者无罪会放人。无罪的话人民检察院可以作出不起诉决定，如果被不起诉人在押，应当立即释放。
《刑事诉讼法》
第一百七十五条
人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
第一百七十七条犯罪嫌疑人没有犯罪事实的，人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
二、一般退回侦查二次怎么处理
1、第一种中情况。检察院认为事实不清，证据不足的可以退回公安机关补充侦查，公安机关补充侦查之后认为嫌疑人构成犯罪，会二次重报移送到检察院审查起诉。
2、第二种情况。检察院对于公安机关二次退查重报的案件不可以再次退回公安机关。检察院会作出决定。
提起公诉。检察院认为，本案事实清楚，证据确实充分，达到追诉标准，检察院会向法院提起公诉。
存疑不起诉。检察院认为，据以定罪的证据存在疑问，无法查证属实的；犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的；据以定罪的证据之间的矛盾不能合理排除的；
根据证据得出的结论具有其他可能性的。会作出存疑不起诉处理。如果后来发现了新的证据从而使得案件符合起诉条件的，人民检察院可以重新提起公诉。
绝对不起诉。如果检察院认为犯罪嫌疑人没有犯罪事实或者不构成犯罪等情况的，会作出绝对不起诉处理。
相对不起诉。检察院认为嫌疑人犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者可免除刑罚的犯罪嫌疑人作出相对不起诉处理。
3、公安机关在补充侦查时发现有证据证实嫌疑人不构成犯罪的，可以作出撤案处理。
三、什么叫不起诉制度
不起诉制度可分为以下几种：1、法定不起诉是指具有相关规定情形之一的，检察院应当作出不起诉决定；2、酌定不起诉是指对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出不起诉决定；3、证据不足不起诉是指对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十一条人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。
《中华人民共和国刑法》第三十七条对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚，但是可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失，或者由主管部门予以行政处罚或者行政处分。
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