补偿协议书有法律效力的方法:首先,协议的签订需要双方当事人达成合意,且所表示的意思是自己的真实意思,不存在胁迫、欺诈等事由;其次,除了协议是自己真实意思的表示外,还不能违反法律的强制性规章和社会公序良俗;最后,原则上协议经双方签字或者盖章后生效,但如果协议中另有规章的除外。,根据民法典的规章:民事主体从事民事活动,不得违反法律,不得违背公序良俗。,法律依据,《中华人民共和国民法典》第八条 【守法与公序良俗原则】民事主体从事民事活动,不得违反法律,不得违背公序良俗。