在出入库管理制度中处理跨境进出口物料的流程需要特别注意以下几点：
清晰规定流程：首先，需要在出入库管理制度中明确规定跨境进出口物料的流程，包括进口和出口的具体步骤，责任人员及其权限，文件要求等，确保整个流程清晰可行。
合规性审核：在跨境进出口物料流程中，要求进行严格的合规性审核，包括对进出口物料的合法性、报关文件的真实性等方面进行审核，确保符合相关法规和政策。
报关手续：跨境进出口物料需要进行报关手续，包括填写报关单、提供相关证明文件等。管理者需要确保报关手续的准确、及时，以避免因报关问题导致物料滞留或罚款等情况。
物料追踪：在跨境进出口物料的流程中，要求建立物料追踪系统，确保能够实时掌握物料的进出状况，及时发现并解决问题。
风险管理：针对跨境进出口物料可能面临的风险，如货物丢失、损坏等，管理者需要建立相应的风险管理机制，确保及时应对各类风险事件。
总之，处理跨境进出口物料的流程需要严格遵循相关法规和政策，建立完善的管理制度，加强内部控制，确保物料的顺利进出，降低风险。