在一般情况下，司法机关是有权否定行政行为的执行效力的。司法机关可以通过诉讼程序来审查行政行为的合法性，并在必要时作出废止、撤销或变更的裁决。司法机关的这种权力被称为司法审查，旨在保障公民的合法权益，维护法治秩序。
在司法审查过程中，法院会根据法律规定和事实情况对行政行为的合法性进行审查。如果法院认定某项行政行为违反法律、违背公共利益或侵犯公民权利，法院可以裁定废止或撤销该行政行为，以保护公民的合法权益。此外，法院还可以对行政行为的执行效力作出暂时性停止或暂缓执行的裁定，以防止可能导致不可逆转的损害。
在实际案例中，例如某市政府发布了一项规定，限制了市民的言论自由。一些受影响的市民可以向法院起诉，要求法院裁定该规定违法无效。法院经审理后认定该规定侵犯了市民的言论自由权利，裁定废止该规定，以保障市民的合法权益。
因此，司法机关可以通过司法审查来否定行政行为的执行效力，以维护法治和公民的合法权益。