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萨尔茨堡大学提供广泛的本科专业课程,包括地理学、生物与分子生物学、应用信息学、英美语言文学、日耳曼语言文学、地质学、历史学、数学、艺术史、通讯科学、语言学、哲学、法律与经济、罗曼语以及社会学和体育与运动科学等。这些专业为学生们提供了深入学习和探索各自领域知识的基础。
在研究生阶段,萨尔茨堡大学继续深化研究,设有应用信息学、英美语言文学、体育与运动研究、生物学、德语、英语、法语、意大利语、欧盟研究、地质学、信息学与信息管理、天主教神学、物理、音乐学等专业。此外,学校特别注重语言教育,还提供德语语言课程,为希望提升语言能力或进行跨文化交流的学生提供了便利。