高通量测序参数—测序深度
发布网友
发布时间：2025-01-27 09:58
共1个回答
热心网友
时间：2025-01-27 10:06
在高通量测序领域，测序深度是衡量测序质量的关键参数，它代表了目标区域被测序的次数。以10次测序为例，测序深度为10X。然而，选择合适的测序深度并非易事，它受到多种因素的影响。
不同类型的样本和检测目标对测序深度的需求各不相同。组织样本通常选用1000X至2000X的深度，而游离DNA样本则需要更高的深度，4000X至10000X不等。如中国2022版ctDNA高通量测序临床实践专家共识中所推荐，血浆cfDNA的有效深度应超过1000X；NCCN则建议基于signatera扩增子的分析，平均深度至少达到10万以上。
理论上，测序深度越高，检测结果的准确性也越高。但实践中，并不会选择无限深度的测序，这是因为成本和时间。以目标区域大小为1M为例，测序深度2000X产生的原始数据量约为2G，分析1G数据大约需要4小时，因此2G数据的分析时间约为8小时。若测序深度提升至10万X，则原始数据量激增至100G，相应的分析时间则延长至400小时，即约16天。考虑到靶向捕获测序区域一般在几个M范围内，全外显子组约为30M，全基因组则达到3000M，因此在考虑时间和费用的情况下，靶向捕获测序的深度可以适当提高，而对于全外显子或全基因组测序，通常不会选择过深的测序深度。
综上所述，测序深度的选择需综合考虑样本类型、检测目标、时间和费用等因素，以达到最优的检测结果。若有描述不准确之处，欢迎指正。
