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A、乳酸菌属于原核生物,有细胞结构,而噬菌体属于病毒,没有细胞结构,两者结构不相似,A错误;
B、原核细胞和真核细胞最明显的区别在于有无核膜为界限的细胞核,B错误;
C、苦思冥想时,直接参与这一活动的最小生命系统是细胞,C正确;
D、创建细胞学说的科学家是施莱登和施旺,D错误.
故选:C.